Im Königreich Preußen erhob sich um das Jahr 1830 Widerstand gegen die Vereinigung (Union) zwischen der lutherischen und der reformierten Kirche , die König Friedrich Wilhelm III eingeführt hatte. Eine Reihe von lutherischen Pfarrern und Gemeinden lehnten diese Zwangsvereinigung ab.

Aber ihre Bitte um Wiederherstellung der lutherischen Kirche mit der Gültigkeit des lutherischen Bekenntnisses, den eigenen konfessionell lutherischen Gottesdiensten und selbständiger Verfassung, wurden abgeschlagen. Stattdessen wurden die Lutheraner jahrelang verfolgt, ihre Pfarrer inhaftiert, ihre Glieder vom Staat benachteiligt und teilweise unter Einsatz des Militärs schikaniert.

Auch in Berlin fanden sich Familien zusammen in ihren Häusern und beschäftigten sich mit dem christlichen Glauben, wie er in den lutherischen Bekenntnissen dargelegt wird. Zunächst suchte man Anschluß an Prediger in der Stadt, die vereinzelt noch eine Verkündigung auf dieser Grundlage aufrechterhielten. Doch am 12. Mai 1835 schlossen sich die meisten Lutheraner zu einer Gemeinde zusammen und beriefen ihren ersten Pfarrer, Dr. H.E.F. Guericke aus Leipzig. Es waren 150 Männer, Frauen und Kinder.

Erst 1845 kam es zur staatlichen Duldung, später zur vollen Anerkennung.

Unter vielen Mühen und Kosten wurde die Kirche nachPlänen des späteren Stadtbaurates Blankenstein errichtet und am 11. Oktober 1857 geweiht. Somit ist sie heute das älteste Kirchgebäude der Luisenstadt.

Einer der ersten Pastoren der Gemeinde war Pfarrer Friedrich Lasius (+1884), dessen Grabstein vor der Kirche steht.

Bis 1908 gab es eine gemeindeeigene Schule, und bis 1957 eine Diakoniestation. Das Schulhaus wurde 1945 zerstört, während Kirche und Pfarrhaus von Bomben und Bränden beschädigt wurden. Bereits 1946 konnten in der Kirche wieder Gottesdienste gefeiert werden. Heute hat sie für 1200 Personen Platz. Sie steht unter Denkmalschutz.

Das Jahr 1961 markiert durch den Bau der Berliner Mauer einen tiefen Einschnitt in die Gemeindegeschichte. Ein beträchtlicher Teil der Gemeindeglieder war von ihrer Kirche und Gemeinde abgeschnitten, so daß in Neukölln eine neue, bis heute bestehende Gemeinde entstand.